La pupa o crisálida es una de las etapas más especiales porque es donde ocurre la verdadera metamorfosis de la mariposa. Esta es una etapa pasiva en la que la oruga permanece completamente inmóvil y no se alimenta. Una vez que la larva ha crecido lo suficiente y ha acumulado todas las proteínas, grasas y energías que requiere para su transformación a mariposa adulta, elige un lugar resguardado de sus principales depredadores para pupar. Las estrategias para pupar difieren en dependencia de los desafíos ambientales y la especie de la que se trate. Algunas orugas se cuelgan boca abajo usando una red de hilos de seda, otras tejen una especie de cinturón que las fija a una planta, y también están las que se envuelven dentro de una hoja formando una especie de capullo, donde quedan totalmente ocultas. La pupa o crisálida protege a la mariposa mientras ocurren los diversos cambios metabólicos y morfológicos que darán origen al adulto. Se desarrollan y maduran dentro de la pupa los pares de patas, antenas, las alas, así como nuevos tejidos y órganos. La duración de la etapa es variable, puede demorar algunas semanas o varios meses, en dependencia de si las condiciones ambientales son propicias para que el adulto sobreviva o no.